Das Justiz-, Polizei- und Militärdepartement vollzieht vielfältige Aufgaben (Organigramm). Alle stehen jedoch im Zusammenhang mit der Wahrung der öffentlichen Ordnung und (Rechts-) Sicherheit im Kanton. Das Departement ist insbesondere in folgenden Bereichen tätig:

• Schutz und Sicherheit der Bevölkerung und Wahrung der öffentlichen Ruhe und Ordnung
• Strassenverkehrswesen
• Zivilstandswesen
• Militärische Rekrutierung und Entlassungen, ausserdienstliches Schiesswesen
• Koordination Bevölkerungsschutz und Vollzug Zivilschutz mit den Zivilschutzorganisationen Appenzell und Oberegg-Reute
• Aufgaben der Verwaltungspolizei wie Einwohnerkontrolle, Passbüro (biometrische Pässe),  Preiskontrollstelle, Fischerei- und Jagdpatente
• Ausländerrecht (Aufenthalts- und Arbeitsbewilligungen)
• Erteilung von Bewilligungen für Lotterien, Wetten und Spielautomaten
• Gastgewerbewesen
• Strafverfolgung (Erwachsenen- und Jugendstrafrecht)
• Vollzug von Strafen und strafrechtlichen Massnahmen
• Rechtspflege
• Eich- und Messwesen